Das Finanzgericht Berlin-Brandenburg hat entschieden, dass nach § 20 Abs. 7 Satz 3 UmwStG 2002 (jetzt § 20 Abs. 5 Satz 3 UmwStG 2006) negative Anschaffungskosten durch Entnahmen im Rückwirkungszeitraum entstehen können. Die Auffassung der Verwaltung, dass ein Ansatz von Zwischenwerten zu erfolgen hat, soweit das eingebrachte Betriebsvermögen aufgrund von Entnahmen im Rückwirkungszeitraum negativ wird (vgl. Rn. 20.19 Abs. 3 Satz 2 Umwandlungssteuererlass v. 11.11.2011 („UmwStE 2011“), hat das Finanzgericht unter Anknüpfung an BFH-Rechtsprechung (I R 12/16) u.a. mangels Vorhandensein einer gesetzlichen Grundlage verworfen.
Das Finanzgericht Münster hat mit zwei im Wesentlichen inhaltsgleichen Urteilen entschieden, dass das Wahlrecht der übernehmenden Gesellschaft, für das eingebrachte Betriebsvermögen den Buchwert anzusetzen, auch nicht dadurch ausgeschlossen wird, dass der Abzug von Entnahmen im Rückwirkungszeitraum gem. § 20 Abs. 5 Satz 3 UmwStG 2006 (i.d.F. des Steueränderungsgesetzes 2015, StÄndG 2015) zu negativen Anschaffungskosten führt. Der Wortlaut des § 20 Abs. 2 Satz 2 Nr. 2 und Satz 4 UmwStG ist in dem Fall, entgegen Rn. 20.19 UmwStE 2011, nicht teleologisch zu erweitern.
Das Bundeskabinett hat in seiner Sitzung am 6. Mai 2020 den Entwurf für ein Corona-Steuerhilfegesetz beschlossen, der im Wesentlichen, mit Ausnahme von redaktionellen Anpassungen, der Formulierungshilfe des BMF entspricht.